(一)認證結果的處理：

　　經認證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，稅務機關退回原件，購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票

　　1.無法認證　2.納稅人識別號認證不符 3.專用發(fā)票代碼、號碼認證不符

　　經認證，有下列情形的，暫不作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務機關扣留原件，查明原因，分別情況進行處理：

　　1.重復認證2.密文有誤3.認證不符4.列為失控專用發(fā)票

　　(二)丟失已開具專用發(fā)票的處理???取得規(guī)定資料經購買方主管稅務機關審核同意后，可抵扣進項稅

　　一般納稅人丟失已開具增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為進項稅額的抵扣憑證;如果丟失前未認證的，購買方憑專用發(fā)票復印件到主管稅務機關認證，認證相符的，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為進項稅額的抵扣憑證。

　　五、紅字專用發(fā)票的開具

　　增值稅一般納稅人開具增值稅專用發(fā)票后，發(fā)生銷貨退回、銷售折讓以及開票有誤等情況需要開具紅字專用發(fā)票。

　　六、稅務機關代開增值稅專用發(fā)票的規(guī)定

　　1、從2005年1月1日起，凡稅務機關代開增值稅專用發(fā)票必須通過防偽稅控系統(tǒng)開具，不再填報《代開發(fā)票開具清單》，同時停止使用非防偽稅款系統(tǒng)為納稅人代開增值稅專用發(fā)票

　　2、增值稅一般納稅人取得稅務機關用非防偽稅控系統(tǒng)代開的增值稅專用發(fā)票，應在2005年3月份納稅申報期結束以前向主管稅務機關申報抵扣，逾期不得抵扣進項稅。

　　3、對實行定期定額征收方式的納稅人正常申報時，按以下方法進行清算

　　(1)每月開票金額大于應征增值稅稅額的，以開票金額數(shù)為依據(jù)征收稅款，并作為下一年度核定定期定額的依據(jù)。

　　(2)每月開票金額小于應征增值稅稅額的，按應征增值稅稅額數(shù)征收稅款

　　4、稅務機關要對小規(guī)模納稅人申報的應納稅銷售額進行審核，其當期申報的應納稅銷售額不得小于稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票上所注明的金額。

　　七、銷貨退回或銷售折讓增值稅專用發(fā)票的管理

　　八、防偽稅控系統(tǒng)增值稅專用發(fā)票的管理

　　九、防偽稅控系統(tǒng)增值稅專用發(fā)票數(shù)據(jù)采集

　　十、增值稅專用發(fā)票管理中的若干處理規(guī)定

　　(一) 關于對代開、虛開增值稅專用發(fā)票的處理

　　對于代開、虛開增值稅專用發(fā)票的，一律按票面所列貨物的適用稅率全額征補稅款，并按規(guī)定按偷稅給予處罰。對納稅人取得代開、虛開的增值稅專用發(fā)票，不得作為增值稅合法抵扣憑證抵扣進項稅額。構成犯罪的依法追究刑事責任

　　(二)納稅人善意取得虛開的增值稅專用發(fā)票處理

　　納稅人善意取得虛開增值稅專用發(fā)票被依法追繳已抵扣稅款的，不再加收滯納金。(09新增)

　　(三)失控增值稅專用發(fā)票的處理

　　十一、輔導期一般納稅人增購專用發(fā)票預繳增值稅的處理

　　(一)納稅人在輔導期內增購專用發(fā)票，繼續(xù)實行預繳增值稅的辦法，預繳的增值稅可在本期增值稅應納稅額中抵減，抵減后預繳增值稅仍有余額的，應于下期增購專用發(fā)票時，按次抵減。

　　(二)主管稅務機關應加強對納稅人預繳稅款抵減的審核工作。

　　1.納稅人發(fā)生預繳稅款抵減的，應自行計算需抵減的稅款并向主管稅務機關提出抵減申請

　　2.主管稅務機關接到審請后，經審核，納稅人繳稅和專用發(fā)票發(fā)售情況無誤，且納稅人預繳增值稅余額大于本次預繳增值稅的，不再預繳稅款可直接發(fā)售專用發(fā)票;納稅人本次預繳增值稅大于預繳增值稅余額的，應按差額部分預繳后再發(fā)售專用發(fā)票

　　(三)主管稅務機關應在納稅人輔導期結束后的第一個月內，一次性退還納稅人因增購專用發(fā)票發(fā)生的預繳增值稅余額。

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